côlonoscopie et « deep learning »

Comme beaucoup de personnes de mon âge, j’ai dû passer récemment une côlonoscopie, ce qui impliquait de me préparer pour l’examen en « flushant » tout le contenu de mon système digestif pour que le spécialiste puisse bien examiner les parois du côlon afin de réséquer des polypes qui s’y seraient développés et identifier d’éventuelles manifestations cancéreuses.

Quelques minutes après l’examen, lorsque l’infirmière m’a informé qu’il me faudrait reprendre l’exercice dans quelques semaines pour cause de « mauvaise préparation », je me suis demandé quel effet cela faisait sur la « flore intestinale » de reprendre à court terme un tel lavage. J’ai dû faire mes recherche par moi-même car il semble que mon spécialiste de médecin n’a pas de temps à perdre à parler à ses patients.

Je me suis tout d’abord aperçu qu’on ne parle plus de « flore intestinale » mais bien de microbiote, et que les recherches ont beaucoup progressé ces dernières années. Il y a même une revue française La revue des microbiotes que l’on peut consulter gratuitement, à condition de s’inscrire. Le dossier thématique du dernier numéro (Mars 2019) porte sur la question sur toutes les lèvres ces temps-ci : la transplantation de microbiote fécal. Le dossier thématique de mars 2018 : microbiote intestinal et traitement du cancer.

En 2014 l’ Institut national de la recherche agronomique (INRA) de France reconstituait 238 génomes de bactéries intestinales. Quelques 75 % de ces génomes bactériens intestinaux étaient encore inconnus. Les études à venir sur ce sujet seront maintenant mieux guidées, car ce métagénome (voir la métagénomique ) contient plus de 3 millions de gènes, soit 120 fois plus que le génome humain. Les analyses statistiques de ces communautés intestinales seront dorénavant beaucoup plus précises.

[Microbiote intestinal humain – Wikipedia]

Combinant les avancées du séquençage à haut débit et du big data, la métagénomique a bouleversé notre vision du monde microscopique en dévoilant l’incroyable biodiversité des écosystèmes microbiens, qu’ils résident dans les fonds marins, sous terre ou dans nos intestins… [La révolution métagénomique]

Je me demande si toute cette complexité interne à chaque intestin (millions de gènes, milliards de bactéries, et autres microbes) et ces milliers d’examens passés chaque année (pour le Québec seulement) ne rassemblent pas une masse d’information propice au « deep learning », cet « apprentissage profond » réalisé de manière plus ou moins autonome par des ordinateurs. Il semble que la bio-informatique soit en effet un champ d’application de ces nouvelles technologies.

Et c’est ce que laisse entendre cet article récent (vendredi dernier). On y prône l’utilisation de l’information comprise dans le microbiote intestinal pour prévenir, dépister et soigner le cancer du colon. Les nouvelles technologies rendent cette stratégie praticable. Voir l’article (accessible à tous) dans la revue Science : The gut microbiota and colon cancer : microbiome data should be incorporated into the prevention, diagnosis and treatment of colon cancer.