{"id":6131,"date":"2019-06-25T20:47:12","date_gmt":"2019-06-26T00:47:12","guid":{"rendered":"https:\/\/www.gillesenvrac.ca\/carnet\/?p=6131"},"modified":"2023-03-09T16:17:50","modified_gmt":"2023-03-09T21:17:50","slug":"colonoscopie-et-deep-learning","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/gillesenvrac.ca\/carnet\/2019\/06\/colonoscopie-et-deep-learning\/","title":{"rendered":"c\u00f4lonoscopie et \u00ab\u00a0deep learning\u00a0\u00bb"},"content":{"rendered":"\n<p class=\"wp-block-paragraph\">Comme beaucoup de personnes de mon \u00e2ge, j\u2019ai d\u00fb passer r\u00e9cemment une c\u00f4lonoscopie, ce qui impliquait de me pr\u00e9parer pour l\u2019examen en \u00ab&nbsp;flushant&nbsp;\u00bb tout le contenu de mon syst\u00e8me digestif pour que le sp\u00e9cialiste puisse bien examiner les parois du c\u00f4lon afin de r\u00e9s\u00e9quer des polypes qui s\u2019y seraient d\u00e9velopp\u00e9s et identifier d\u2019\u00e9ventuelles manifestations canc\u00e9reuses.<\/p>\n\n\n\n<p class=\"wp-block-paragraph\">Quelques minutes apr\u00e8s l\u2019examen, lorsque l\u2019infirmi\u00e8re m\u2019a inform\u00e9 qu\u2019il me faudrait reprendre l\u2019exercice dans quelques semaines pour cause de \u00ab&nbsp;mauvaise pr\u00e9paration&nbsp;\u00bb, je me suis demand\u00e9 quel effet cela faisait sur la \u00ab&nbsp;flore intestinale&nbsp;\u00bb de reprendre \u00e0 court terme un tel lavage. J\u2019ai d\u00fb faire mes recherche par moi-m\u00eame car il semble que mon sp\u00e9cialiste de m\u00e9decin n\u2019a pas de temps \u00e0 perdre \u00e0 parler \u00e0 ses patients.<\/p>\n\n\n\n<p class=\"wp-block-paragraph\">Je me suis tout d\u2019abord aper\u00e7u qu\u2019on ne parle plus de \u00ab&nbsp;flore intestinale&nbsp;\u00bb mais bien de <a href=\"https:\/\/fr.wikipedia.org\/wiki\/Microbiote_intestinal_humain\">microbiote<\/a>, et que les recherches ont beaucoup progress\u00e9 ces derni\u00e8res ann\u00e9es. Il y a m\u00eame une revue fran\u00e7aise <a href=\"https:\/\/www.larevuedesmicrobiotes.fr\/numeros\">La revue des microbiotes<\/a> que l\u2019on peut consulter gratuitement, \u00e0 condition de s\u2019inscrire. Le dossier th\u00e9matique du <a href=\"https:\/\/www.larevuedesmicrobiotes.fr\/numeros\/numero-13-la-transplantation-de-microbiote-fecal\">dernier num\u00e9ro (Mars 2019)<\/a> porte sur la question sur toutes les l\u00e8vres ces temps-ci : la transplantation de microbiote f\u00e9cal. Le <a href=\"https:\/\/www.larevuedesmicrobiotes.fr\/numeros\/10\">dossier th\u00e9matique de mars 2018<\/a> : microbiote intestinal et traitement du cancer.<\/p>\n\n\n\n<blockquote class=\"wp-block-quote is-layout-flow wp-block-quote-is-layout-flow\">\n<p class=\"wp-block-paragraph\">En 2014 l\u2019 Institut national de la recherche agronomique (INRA) de France reconstituait 238 g\u00e9nomes de bact\u00e9ries intestinales. Quelques 75&nbsp;% de ces g\u00e9nomes bact\u00e9riens intestinaux \u00e9taient encore inconnus. Les \u00e9tudes \u00e0 venir sur ce sujet seront maintenant mieux guid\u00e9es, car ce m\u00e9tag\u00e9nome (voir la <a href=\"https:\/\/fr.m.wikipedia.org\/wiki\/M%C3%A9tag%C3%A9nomique\">m\u00e9tag\u00e9nomique<\/a> ) contient plus de 3 millions de g\u00e8nes, soit 120 fois plus que le <a href=\"https:\/\/fr.m.wikipedia.org\/wiki\/G%C3%A9nome\">g\u00e9nome<\/a> humain. Les analyses statistiques de ces communaut\u00e9s intestinales seront dor\u00e9navant beaucoup plus pr\u00e9cises.<\/p>\n<cite>[<a href=\"https:\/\/fr.wikipedia.org\/wiki\/Microbiote_intestinal_humain\">Microbiote intestinal humain<\/a> &#8211; Wikipedia]<\/cite><\/blockquote>\n\n\n\n<blockquote class=\"wp-block-quote is-layout-flow wp-block-quote-is-layout-flow\">\n<p class=\"wp-block-paragraph\">Combinant les avanc\u00e9es du s\u00e9quen\u00e7age \u00e0 haut d\u00e9bit et du big data, la m\u00e9tag\u00e9nomique a boulevers\u00e9 notre vision du monde microscopique en d\u00e9voilant l\u2019incroyable biodiversit\u00e9 des \u00e9cosyst\u00e8mes microbiens, qu\u2019ils r\u00e9sident dans les fonds marins, sous terre ou <strong>dans nos intestins\u2026<\/strong> [<a href=\"https:\/\/lejournal.cnrs.fr\/articles\/la-revolution-metagenomique\">La r\u00e9volution m\u00e9tag\u00e9nomique<\/a>]<\/p>\n<\/blockquote>\n\n\n\n<p class=\"wp-block-paragraph\">Je me demande si toute cette complexit\u00e9 interne \u00e0 chaque intestin (millions de g\u00e8nes, milliards de bact\u00e9ries, et autres microbes) et ces milliers d\u2019examens pass\u00e9s chaque ann\u00e9e (pour le Qu\u00e9bec seulement) ne rassemblent pas une masse d\u2019information propice au \u00ab&nbsp;deep learning&nbsp;\u00bb, cet \u00ab&nbsp;<a href=\"https:\/\/fr.wikipedia.org\/wiki\/Apprentissage_profond\">apprentissage profond<\/a>&nbsp;\u00bb r\u00e9alis\u00e9 de mani\u00e8re plus ou moins autonome par des ordinateurs. Il semble que la <a href=\"https:\/\/fr.wikipedia.org\/wiki\/Bio-informatique\">bio-informatique<\/a> soit en effet un champ d\u2019application de ces nouvelles technologies.<\/p>\n\n\n\n<p class=\"wp-block-paragraph\">Et c\u2019est ce que laisse entendre cet article r\u00e9cent (vendredi dernier). On y pr\u00f4ne l\u2019utilisation de l\u2019information comprise dans le microbiote intestinal pour <b>pr\u00e9venir, d\u00e9pister et soigner<\/b> le cancer du colon. Les nouvelles technologies rendent cette strat\u00e9gie praticable. Voir l\u2019article (accessible \u00e0 tous) dans la revue Science : <a href=\"https:\/\/science.sciencemag.org\/content\/364\/6446\/1133.full\">The gut microbiota and colon cancer : microbiome data should be incorporated into the prevention, diagnosis and treatment of colon cancer<\/a>.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Comme beaucoup de personnes de mon \u00e2ge, j\u2019ai d\u00fb passer r\u00e9cemment une c\u00f4lonoscopie, ce qui impliquait de me pr\u00e9parer pour l\u2019examen en \u00ab&nbsp;flushant&nbsp;\u00bb tout le contenu de mon syst\u00e8me digestif pour que le sp\u00e9cialiste puisse bien examiner les parois du c\u00f4lon afin de r\u00e9s\u00e9quer des polypes qui s\u2019y seraient d\u00e9velopp\u00e9s et identifier d\u2019\u00e9ventuelles manifestations canc\u00e9reuses. &hellip; <\/p>\n<p class=\"link-more\"><a href=\"https:\/\/gillesenvrac.ca\/carnet\/2019\/06\/colonoscopie-et-deep-learning\/\" class=\"more-link\">Continuer la lecture<span class=\"screen-reader-text\"> de &laquo;&nbsp;c\u00f4lonoscopie et \u00ab\u00a0deep learning\u00a0\u00bb&nbsp;&raquo;<\/span><\/a><\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":6132,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_jetpack_newsletter_access":"","_jetpack_dont_email_post_to_subs":false,"_jetpack_newsletter_tier_id":0,"_jetpack_memberships_contains_paywalled_content":false,"atmosphere_disabled":false,"atmosphere_custom_text":"","_jetpack_feature_clip_id":0,"_jetpack_memberships_contains_paid_content":false,"footnotes":"","jetpack_post_was_ever_published":false},"categories":[1],"tags":[22,133,29],"class_list":["post-6131","post","type-post","status-publish","format-standard","has-post-thumbnail","hentry","category-uncategorized","tag-perso","tag-prevention","tag-sante"],"jetpack_featured_media_url":"https:\/\/gillesenvrac.ca\/carnet\/wp-content\/uploads\/2019\/06\/REVUE-MICROBIOTE-10_1_fr.jpg","jetpack-related-posts":[{"id":591,"url":"https:\/\/gillesenvrac.ca\/carnet\/2007\/08\/reprendre-le-collier-de-lecriture\/","url_meta":{"origin":6131,"position":0},"title":"reprendre le &quot;collier&quot; de l&#039;\u00e9criture","author":"Gilles Beauchamp","date":"7 ao\u00fbt 2007","format":false,"excerpt":"\u00c0 chaque jour : c'est le secret que Jerry Seinfeld donnait \u00e0 un programmeur qui lui demandait s'il avait un truc pour \u00e9crire de bonnes choses. 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